O Projeto Replanta Guandu, programa de recuperação da Bacia do rio Guandu e afluentes, tem como objetivo o plantio de 1 milhão de mudas nos próximos anos e ocorrerá em duas fases sendo a primeira com 400 mil mudas até novembro de 2008 nos municípios de Seropédica, Paracambi, Queimados, Japeri e Rio Claro. Agora, na segunda fase, com a parceria do Instituto Terra de Preservação Ambiental, Companhia Siderúrgica do Atlântico e Companhia Siderúrgica Nacional ,estão sendo plantadas 136.694 mudas especificamente nas nascentes dos principais contribuintes do rio Guandu: rio Piraí, no município de Rio Claro, e rio Santana, no município de Miguel Pereira. Estas áreas são extremamente relevantes para a manutenção do equilíbrio nos recursos hídricos da Bacia. O rio Piraí, desviado por meio do túnel de Tocos para a represa de Ribeirão das Lajes, contribui com água de ótima qualidade para o sistema de abastecimento urbano da metrópole do Rio de Janeiro. As áreas que estão sendo reflorestadas nesta sub-bacia estão situadas na Área de Proteção Ambiental (APA) Alto Piraí, criada pelo município de Rio Claro com o intuito de proteger as nascentes deste rio e formar uma zona de amortecimento para o Parque Estadual do Cunhambebe.

O rio Santana é o maior afluente do rio Guandu, nasce no município de Miguel Pereira e suas nascentes estão situadas no interior da Reserva Biológica do Tinguá. No entanto, nos últimos vinte anos, este rio sofreu com a degradação das florestas, o que acarretou em uma diminuição significativa na qualidade e quantidade da água. As áreas que estão sendo reflorestadas situam-se entre os alto e médio cursos da sub-bacia do rio Santana, onde foi criada a Área de Proteção Ambiental (APA) do rio Santana, pelo município de Miguel Pereira, sobreposta à APA do Guandu.

Nesta segunda fase, a Secretaria de Estado do Ambiente dá ênfase para a relação entre floresta e água na bacia. Por isso, está priorizando o reflorestamento do alto curso com a formação de corredores ecológicos que buscam a conservação da biodiversidade e a melhoria dos serviços ambientais gerados por ela (como, por exemplo, controle do assoreamento de rios e produção de água).